Die Folgen des Unfalls wirkten sich auch auf den Bahnverkehr aus. Der ICE musste auf Anweisung der Staatsanwaltschaft im Hauptbahnhof Würzburg angehalten werden, um Spuren zu sichern und das Zugpersonal zu befragen. Stephan Hellwig, Pressesprecher der Bahn in Würzburg, erklärte, dass die Reisenden auf andere Züge umgeleitet wurden. Die Bahnstrecke blieb infolgedessen bis etwa 4.57 Uhr vollständig gesperrt. Hellwig fügte hinzu, dass der Bereich für weitere Ermittlungen noch einmal gesperrt werden müsse. Reisende, die am Mittwoch die wichtige Nord-Süd-Verbindung nutzen wollten, mussten sich daher auf Verspätungen einstellen.