Zu jener Zeit war Beckenbauer noch mit seiner zweiten Ehefrau Sybille verheiratet. 2002 trennten sie sich, und 2004 folgte die Scheidung. 2003 kam ihre Tochter Francesca zur Welt, und 2006 heirateten Heidi und Franz Beckenbauer schließlich. Aus seinen früheren Beziehungen hatte Beckenbauer zudem die Söhne Thomas (61), Michael (57) und Stephan (†46), der 2015 an einem Hirntumor verstarb. Heidi Beckenbauer zeigt sich trotz des schweren Verlusts stark. Sie richtet sich in ihrem Alltag neu ein und ist für die gemeinsamen Kinder da.
Vor wenigen Tagen nahm sie mit Sohn Joel eine besondere Auszeichnung für ihren verstorbenen Mann in Paris entgegen: Beim 68. Ballon d’Or wurde Franz Beckenbauer posthum für sein Lebenswerk geehrt. Unter Tränen sagte Heidi: "Wir erinnern uns an Franz als außergewöhnlichen Fußballer und einzigartigen Menschen mit großem Herz.“ Joel ergänzte: "Er war ein Vater voller Verantwortung und Disziplin, wie als Trainer. Der beste Vater, den man sich wünschen konnte.“