Uno de sus grandes proyectos es la Rafa Nadal Academy, inaugurada en 2016 en su ciudad natal. Allí se forman jóvenes tenistas de todo el mundo, que combinan entrenamiento y estudios. Tras su retirada, Nadal puede dedicar más tiempo a este proyecto, muy importante para él.
A través de la Fundación Rafa Nadal, creada en 2008, el extenista apoya a niños y jóvenes en situación de vulnerabilidad mediante el deporte y la educación. En lo personal, vive en Mallorca con su esposa, Mery Perelló, y su familia. Es conocido por su pasión por el mar, la pesca y el golf.