Les systèmes de sécurité se déclenchent si quelqu'un reste à l'intérieur du coffre-fort scellé pendant plus de 10 minutes - une mesure pour éviter que quelqu'un ne gèle à mort. Les visiteurs doivent même signer une décharge en cas d'urgence médicale à l'intérieur.
L'arche souterraine est conçue pour résister aux inondations, aux radiations et même à un impact direct d'avion. Les boîtes ne sont pas étiquetées, donc sans accès à la fois au coffre-fort et à ses dossiers informatiques, il est extrêmement difficile de trouver des contenus spécifiques.
Bien qu'elle soit la plus grande, la Banque de Semences du Millénaire fait partie des plus de 1700 banques de semences dans le monde. Le Global Seed Vault à Svalbard stocke également plus d'un million d'échantillons de graines et propose des visites virtuelles plutôt que des visites sur place.