Die Website des Flughafenbetreibers Fraport berichtete von „erheblichen Verzögerungen im Betriebsablauf und Flugausfällen“. Ein Sprecher des Flughafens bestätigte einzelne Flugstreichungen sowie Verspätungen, wobei Langstreckenflüge nicht betroffen seien. Es wurde darauf hingewiesen, dass es im Laufe des Freitags zu weiteren Beeinträchtigungen kommen könnte. Flugreisende wurden aufgefordert, sich regelmäßig auf den Internetseiten der Fluggesellschaften über den Status ihrer Flüge zu informieren.
Die Fluggesellschaft Eurowings gab bekannt, dass es aufgrund der Systemstörung bei der Deutschen Flugsicherung zu erheblichen Beeinträchtigungen des Flugbetriebs komme. Man rechne sowohl mit Verspätungen als auch mit vereinzelten Streichungen von Flügen. Die Situation am Donnerstag zeigte das Ausmaß der Beeinträchtigungen: Eine Menschenmenge hatte sich quer durch das Flughafengebäude gezogen, die Warteschlange erstreckte sich zwischenzeitlich über zwei Kilometer. Dies führte zu gestressten und verärgerten Passagieren, die um ihre Anschlüsse fürchteten und besorgt waren, ihre Flüge aufgrund der langen Wartezeiten zu verpassen.